沙丘2000提供了许多热键来方便玩家控制部队和执行一些其他功能，掌握它们可以令你的操作更加便利。部分热键原版中没有。在1.06版本中，使用Dune2000Config.exe可以根据个人习惯修改部分键位。

A - 与当前选中单位的所属玩家结盟
E - 选中当前视野范围内的所有单位
G - 令选中部队处于警戒状态
H - 将视角切换到基地
N - 切换至下一个单位
P - 在拥有多个兵营/轻工/重工/星港/宫殿时，将选中建筑设定为出兵建筑
R - 令选中部队撤回基地
S - 令选中部队停止当前行为（移动或攻击）
T - 维修
X - 将选中部队随机散开
Y - 变卖建筑

Ctrl+主键盘0-9 - 将选中部队设定为编队0-9
主键盘0-9 - 选中指定编队的部队
Alt+主键盘0-9 - 选中并切换视角至指定编队的部队
选中部队时按住Alt - 强制部队移动（主要用于碾压步兵）
Shift+点击选择部队 - 改变部队的选中状态（未选中的变为选中，选中的变为未选中）
选中部队时Shift+主键盘0-9 - 将指定编队的部队变为选中状态
Ctrl+F9-F12 - 将当前视角设置为位置标签
F9-F12 - 切换视角至指定位置标签

F1-F5 - 发私人消息给玩家1-玩家5
F6 - 向全体玩家发送消息
Tab - 观战时弹出/收起玩家实时统计

小键盘1/2/3/5 - 滚动屏幕左/下/右/上
键盘↑↓/鼠标滚轮 - 翻动建造队列
右键点击建造队列箭头按钮 - 一次翻动三个

ESC - 弹出/收起游戏菜单
主键盘+ - 随机播放下一首背景音乐